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/ Faculté de médecine vétérinaire

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Doctorat (PhD) en microbiologie


Caractérisation du microbiote de la coquille de
l’oeuf de consommation dans une perspective de
santé animale et de santé publique

Durée

  • 3 ans
  • Démarrage : à partir de septembre 2021, sous réserve de l’octroi d’une demande de subvention prévue pour septembre 2021

Prérequis

Compétences à développer

  • Échantillonnage dans un contexte de production animale
  • Évoluer dans une équipe multidisciplinaire
  • Étudier le microbiote par approche de séquençage à haut débit et analyses bioinformatiques
  • Communication et vulgarisation scientifique

Bourse
Une bourse d’étude de 20 000$ par année pour une durée de 36 mois sera assurée par l’équipe de recherche, avec possibilité de bonification de cette bourse via des bourses externes.

Contact
Acheminer une courte lettre de présentation et un CV à :
Marie-Lou Gaucher : marie-lou.gaucher@umontreal.ca
450-773-8521 poste 0097

Emplacement
Laboratoires de la Chaire de Recherche en Salubrité des Viandes, Université de Montréal, Faculté de médecine vétérinaire, Saint-Hyacinthe, Québec, Canada.

Objectif principal

Caractérisation des facteurs influençant la microbiologie et le résistome de surface de l’oeuf destiné à la consommation humaine, ainsi que la présence de résidus d’antibiotiques dans l’oeuf


Sous-objectif 1: Description des facteurs influençant le microbiote de surface de l’oeuf destiné à la consommation humaine.

Sous-objectif 2: Caractérisation du résistome de surface de l’oeuf destiné à la consommation humaine en fonction du système de logement des poules pondeuses et du régime pharmacologique de l’élevage et mise en relation avec la présence de résidus d’antibiotiques dans les oeufs.

Sous-objectif 3: Évaluation d’une stratégie alimentaire alternative dans le but de moduler le microbiote de l’intestin de la poule et le microbiote de surface de l’oeuf de consommation.

Résumé du projet de recherche
L’industrie agroalimentaire au Canada, contribue à 51 milliards $ au PIB. Les défis y sont multiples: le consommateur veut une industrie éthique, des animaux élevés sans antibiotiques, dans le respect de leur bien-être, avec un faible impact sur l’environnement et des produits abordables sans pathogènes alimentaires. La modulation du microbiote par voie alimentaire peut être utilisée pour améliorer la santé et la salubrité des élevages grâce aux probiotiques ou autres additifs alimentaires. Cependant, les options validées scientifiquement et offertes aux producteurs canadiens demeurent limitées. L’objectif principal du projet de recherche plus large dans lequel s’inscrit cette étude est d’évaluer le potentiel d’approches innovantes en production avicole permettant d'améliorer la salubrité des denrées alimentaires tout en assurant la productivité des élevages et la réduction de l’utilisation des antibiotiques. Un des objectifs du projet de recherche est de travailler chez la poule pondeuse chez qui l’alimentation représente un défi pour lequel les alternatives de dérivés d’insectes pourraient s’avérer utiles afin d’améliorer la rentabilité des élevages, contrôler les pathogènes bactériens et assurer la salubrité des produits ovocoles. En effet, la surface de l’oeuf peut être porteuse de bactéries pathogènes pouvant être résistantes aux antibiotiques et le microbiote de l’intestin de la poule influence ce microbiote de coquille. De plus, l’environnement de production des poules influence la présence de ces pathogènes sur la coquille, sans que son rôle ne soit clairement défini. Avec la mise en place graduelle au pays des nouveaux systèmes de logement pour les poules pondeuses, il devient important d’anticiper l’impact des différents types de logements sur la microbiologie et la qualité sanitaire de l’oeuf destiné à la consommation humaine et de mitiger ce risque. La composition finale du microbiote de la coquille pourrait être également influencée par les propriétés physico-chimiques de cette dernière. La coquille étant poreuse, des phénomènes de physisorption non-sélective des bactéries peuvent subvenir. La caractérisation des propriétés de surface de l’oeuf pourrait ainsi mettre en avant des affinités chimiques à l’origine de l’adsorption spécifique et préférentielle de certaines bactéries. Une meilleure compréhension des étapes menant à l’établissement du microbiote de l’oeuf permettra d’assurer au consommateur un oeuf sain et l’ajustement des mesures de décontamination de la surface de la coquille en fonction de son microbiote.