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/ Faculté de médecine vétérinaire

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Salubrité alimentaire (option microbiologie)

Poste d’étudiant(e) au Doctorat (Ph. D.)

Direction : Dre Marie-Lou Gaucher

(English version bellow)

Étude de la dynamique de contamination par Clostridium perfringens entérotoxinogène en filière de poulets de chair au Québec.

La Chaire de Recherche en Salubrité des Viandes (CRSV) est une structure de recherche et d’enseignement en hygiène alimentaire. Elle est formée d’une équipe dynamique incluant 4 chercheurs, 3 personnels de recherche et une dizaine d’étudiants aux cycles supérieurs. Les  principaux thèmes de recherche s’intéressent à la caractérisation des pathogènes alimentaires et à la comparaison des écosystèmes microbiens et des interactions bactériennes avec ceux-ci dans une approche de la ferme à la table.

Parmi ces pathogènes alimentaires, Clostridium perfringens entérotoxinogène figure parmi les trois principaux agents responsables de toxi-infections d’origine alimentaire au Canada et étonnamment, les réservoirs de la bactérie demeurent très peu documentés à ce jour. Toutefois, une étude récente menée par notre groupe a démontré que les produits de viande de volaille représenteraient une source d’exposition à ce pathogène pour l’humain. Afin de mieux décrire le rôle de la volaille en tant que réservoir, un poste de doctorat à temps plein (PhD en sciences vétérinaires) est actuellement disponible au Département de pathologie et microbiologie de la faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal.

Objectifs

  1. Procéder à un échantillonnage des grandes étapes de la chaîne de production de poulets de chair au Québec.
  2. À l’aide d’une méthode d’isolement par filtration sur membrane et hybridation sur colonies (HCMF-CH), récupérer les souches de C. perfringens entérotoxinogène à partir des échantillons positifs.
  3. Caractériser les souches récupérées via des approches PCR, PCR par chevauchement, séquençage de type Sanger et séquençage du génome complet.
  4. Procéder à une modélisation des données afin de préciser la dynamique de transmission (en collaboration avec l’Anses, France).

L’étudiant(e) développera des aptitudes en microbiologie, en biologie moléculaire, en bio-informatique et en analyses statistiques. L’étudiant(e) travaillera en interaction avec les membres de l’équipe de la Chaire de recherche en salubrité des viandes (CRSV), incluant des vétérinaires, des biologistes, des biochimistes et des spécialistes en bio-informatique, mais aussi avec l’équipe de l’Anses avec laquelle une collaboration incluant des déplacements entre le Canada et la France sont prévus. Les travaux seront réalisés dans les laboratoires de la CRSV et de l’Anses.

Profil recherché

Diplôme de 1er cycle en médecine vétérinaire ou autre discipline telle qu’un baccalauréat en microbiologie, biologie ou en biochimie, ou tout autre équivalence

  • Intérêt pour la salubrité alimentaire et la biologie moléculaire
  • Très bon dossier académique
  • Bonne capacité de prise en charge, d’analyse et de synthèse
  • Bonne maîtrise du français à l’écrit et à l’oral
  • Bonne compréhension de l’anglais
  • Expérience reliée au secteur agro-alimentaire ou à la production avicole serait un atout

Rémunération

L’étudiant(e) sera financé(e) par une bourse pour une période de trois ans à raison de 21 000$/année, sous condition de la confirmation du financement du projet par le CRSNG. Les étudiant(e)s ayant un très bon dossier académique pourront appliquer à des fonds internes ou externes afin d’obtenir des bourses d’études supplémentaires.

Début du programme

Les candidat(e)s intéressé(e)s sont encouragé(e)s à faire part de leur intérêt le plus rapidement possible. Le démarrage du projet est prévu pour mai 2022.

Déposer sa candidature

  • Veuillez faire parvenir votre application à l’adresse courriel : marie-lou.gaucher@umontreal.ca et joindre les documents suivants:
  • Lettre décrivant vos intérêts et qualifications pour le poste (maximum 1 page);
  • Curriculum vitae;
  • Dernier relevé de notes universitaires;
  • Noms et coordonnées de deux personnes pouvant agir à titre de référence.

 

Marie-Lou Gaucher, DMV, MSc, PhD, McbA

Professeure adjointe Titulaire de la Chaire de recherche en salubrité des viandes (CRSV)

Faculté de médecine vétérinaire (FMV)

Université de Montréal

Courriel: marie-lou.gaucher@umontreal.ca

Téléphone: 450-773-8521 poste 0097

 


Doctorate (PhD) Food safety (option Microbiology)

Studying the transmission dynamics of enterotoxigenic Clostridium perfringens along the broiler chicken production chain in Quebec, Canada.


Host institution. The Chaire de Recherche en Salubrité des Viandes (CRSV) is a research and teaching group specialized in food safety and risk analysis. It is a dynamic team comprising 4 researchers, 2 research assistants and a dozen graduate students. Research projects conducted at the CRSV mainly focus on the caracterization of bacterial pathogens, on the study of antibiotic resistance genes and on the interactions between bacteria and their ecosystems in the farm to the table continuum.


Among these pathogens, enterotoxigenic Clostridium perfringens is responsible for a large proportion of the foodborne disease cases reported annually in Canada and surprisingly, the reservoirs and routes of transmission of this pathogen remain poorly described. A previous study conducted by our group revealed that poultry meat products would represent a considerable source for the exposition of consumers to enterotoxigenic Clostridium perfringens. With the aim of better describing poultry as a reservoir of this pathogen, a doctorate position is currently available in the Pathology and microbiology department at the Faculty of veterinary medicine of the University of Montréal.

Objectives

  1. Sampling of the critical steps of the broiler chicken production chain in Quebec, Canada.
  2. Using a filtration and colony hybridization approach, isolation of enterotoxigenic C. perfringens from positive samples.
  3. Characterization of enterotoxigenic C. perfringens isolates using PCR, overalapping PCR, Sanger sequencing and whole genome sequencing.
  4. Data modelization to describe the transmission dynamics of enterotoxigenic C. perfringens along the production chain (in collaboration with Anses, France).

Skills to be developed.

The graduate student will develop skills in microbiology, molecular biology, bioinformatics and statistical analyses. The student will be working closely with members of the Chaire de recherche en salubrité des viandes (CRSV), consisting of veterinarians, biologists, biochemists and bioinformatics specialists. A collaborative work is also planned with researchers from Anses including activities conducted by the PhD candidate in the Anses laboratories (France).

Profile required

  • Must be eligible for admission for a PhD program in Veterinary sciences at the University of Montréal: admission.umontreal.ca/en/admissions/
  • Having completed undergraduate and graduate (MSc) studies in biology, in microbiology, in biochemistry, or in any equivalent field
  • Knowledge and interest in molecular biology
  • Good to excellent academic record
  • Being self-contained with good analytical ability
  • Mastering written and spoken French would be an asset
  • Any expertise related to animal production, food science or environmental science would be an advantage

Remuneration

A research scolarship (21 000$ / year for 3 years) will be allocated upon confirmation of funding by NSERC. Well performing students will be encouraged to apply for additional internal and external funding.

Project start

Qualified candidates must send their application as soon as possible. The project is planned to begin in May 2022.

Submitting your application

  • Please send the required documents listed below to: marie-lou.gaucher@umontreal.ca
  • Letter of interest specifying your qualifications (maximum 1 page);
  • Curriculum vitae;
  • Transcript of the last academic record;
  • Name and contact information of two referees

 

Marie-Lou Gaucher, DMV, MSc, PhD, McbA

Professeure adjointe Titulaire de la Chaire de recherche en salubrité des viandes (CRSV)

Faculté de médecine vétérinaire (FMV)

Université de Montréal

Courriel: marie-lou.gaucher@umontreal.ca

Téléphone: 450-773-8521 poste 0097