Évaluation de l'impact des conditions d'élevage et de l'environnement sur la pression d'infection, la résistance des troupeaux et ultimement la composition du microbiote du lait.

Thème 1- Environnement, pression d’infection et microbiote

• Identifier les conditions d’élevage qui permettent d’abaisser l’incidence des infections dans un troupeau et évaluer leur impact sur le microbiote du lait.

• Évaluer la charge microbiologique de l’environnement et la présence de bactéries pathogènes en fonction de la régie (e.g. fréquence du nettoyage, type de litière).

• Élucider, à l’aide d’approches alliant épidémiologie et microbiologie moléculaire, les liens entre gestion, dynamique des populations bactériennes à l’intérieur de l’élevage et qualité du lait.  

Thème 2- Résistance de la vache à la colonisation et à l'infection

• Identifier et comprendre les divers mécanismes immunologiques par lesquels l’animal a la capacité de résister aux infections.

• Élaborer des molécules immunostimulantes et des vaccins permettant de renforcer le système immunitaire de l’animal.

• Les banques de données disponibles permettront également d’étudier la susceptibilité aux infections d’un individu en fonction de son profil génétique.   

Thème 3-  Bien-être animal et environnement socio-économique

• Évaluer l’impact social et économique de chacune des modifications suggérées dans le but d’améliorer la qualité du lait pour le consommateur et les besoins du transformateur laitier.

• Étudier l'efficacité  des pratiques de gestion novatrices sur le bien-être animal et évaluation de leur impact social, économique et environnemental.

Détection, caractérisation et mesure de biosécurité relatives aux agents pathogènes pour réduire leur impact sur le microbiote du lait et minimiser le risque de perte d'innocuité.

Thème 1 - Détection des agents pathogènes

• Développer, ou améliorer le cas échéant, des outils de diagnostic, tels que le PCR, permettant l’identification rapide et précise des bactéries pathogènes et des bactéries pathogènes en émergence ou à potentiel zoonotique.

• La détection des agents pathogènes permettra l’identification plus précise des facteurs de risque associés à leur présence.      

Thème 2- Caractérisation des agents pathogènes

• Le typage moléculaire de souches bactériennes permettra la réalisation d’études d’épidémiologie moléculaire et ainsi mieux comprendre les processus permettant l’établissement, la persistance ou chronicité, et la transmission des infections.

• De puissantes technologies de génomique, transcriptomique et protéomique sont maintenant disponibles et permettront des études poussées au niveau de la souche bactérienne ou du microbiote.

• Les renseignements phénotypiques et génotypiques obtenus permettront une meilleure compréhension des facteurs de virulence d’importance des agents pathogènes et le développement de vaccins et d’alternatives aux antibiotiques.

• La formation de biofilms par les bactéries pathogènes sera évaluée considérant leur rôle dans la tolérance aux antibiotiques et aux désinfectants ainsi que leur implication dans la persistance des bactéries dans l’environnement ou lors de l’infection.  

Thème 3- Biosécurité et innocuité

• Identifier et minimiser les risques pour la santé animale ainsi que la santé publique que représentent la présence de résidus d’antibiotiques dans le lait, la propagation de la résistance aux antibiotiques, et la propagation de toxi-infections.

• La présence de résidus d’antibiotiques dans le lait affecte également la transformation du lait lors des fermentations et cet impact négatif de l’utilisation des antibiotiques sera étudié.           

Thème 4- Interaction microbiote et agents pathogènes

• Évaluer l’effet des stratégies de contrôle (e.g. antibiotiques, alternatives aux antibiotiques, vaccins, nouvelles pratiques cliniques) sur le microbiote du lait par des approches microbiologiques et de métagénomique.

• Les bactériophages au niveau du réservoir de lait et leur effet sur la flore secondaire du lait seront également étudiés et cela, toujours en lien avec l’optimisation d’un produit pour le consommateur ou le transformateur laitier. 

Étude des activités biochimiques et métaboliques des flores secondaires ayant un impact sur la composition du lait et les propriétés des produits lactés.

Thème 1- Environnement à la ferme et à l’usine

• Étudier la présence et la prévalence de nouvelles espèces bactériennes de même que la modification de l’équilibre des flores d’altération et des flores bénéfiques afin d’identifier les causes qui affectent la production de produits laitiers transformés de haute qualité.

• Identifier les espèces microbiennes présentes dans le lait.

• Etudier les sources de phages à la ferme et à l’usine et évaluer l’efficacité de diverses méthodes pour les contrôler.

• L’utilisation des bactériophages comme outil de contrôle des flores sera aussi considérée.

Thème 2 - Impact de l’alimentation animale sur les arômes et saveurs du lait

• Étudier l’impact des rations alimentaires, par exemple riches en acides gras, sur les arômes, la saveur et la stabilité oxydative du lait.