Antibiogouvernance
Caractérisation de l’efficacité thérapeutique et de la pharmacocinétique de la colistine, ainsi que l’étude des mécanismes de résistance bactérienne à cet antibiotique en productions animales
La colistine (polymyxine E) est un antibiotique polypeptidique de la famille des polymyxines largement utilisé en production animale dans plusieurs pays pour le traitement des infections intestinales causées par les bactéries à Gram négatif. La caractérisation, lors de projets de recherche précédents, de l'efficacité thérapeutique et la pharmacocinétique de la colistine dans un modèle expérimental d'infection digestive à Escherichia coli entérotoxinogène (ETEC) chez le porc, a montré que l'augmentation de la dose de colistine, lors du traitement de cette infection par E. coli, n'était pas associée à une réduction significative des symptômes de la maladie par rapport à la dose conventionnelle. De plus, nous avons démontré que le traitement à la colistine était associé à une pression de sélection sur les populations fécales d'E. coli résistants à cet antibiotique. Dans une autre étude, nous avons rapporté que la colistine est fortement dégradée dans le liquide gastrique porcin, et que cette dégradation a entraîné la formation de produits de dégradation qui ont une activité antimicrobienne beaucoup plus significative par comparaison avec la colistine non dégradée. De plus, nous avons étudié les mécanismes moléculaires de résistance à la colistine dans plusieurs collections de souches d'E. coli isolés d'animaux d'élevage (poulets, porcs et dromadaires). En utilisant la plateforme de séquençage Illumina MiSeq, nous avons rapporté pour la toute première fois que le microbiote fécal des porcelets sevrés a été largement affecté par une infection expérimentale avec une souche pathogène ETEC: F4 alors que le traitement oral à base de colistine avait un effet transitoire sur le microbiote fécal de ces mêmes animaux.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=Rhouma+M+colistin+Montreal
Financement : CRSNG
La résistance bactérienne aux antibiotiques associée à l'utilisation des agents technologiques sur les carcasses des volailles dans les abattoirs
L'utilisation des agents technologiques durant les opérations de transformation des volailles a contribué à une amélioration de la qualité microbiologique des carcasses et de leurs produits dérivés. Cependant, l'utilisation intensive de ces décontaminants a soulevé des inquiétudes quant à leur rôle éventuel dans la co-sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques. Ce sujet a été présenté et discuté dans cette revue afin de fournir une mise à jour des informations relatives à l'adaptation bactérienne aux agents technologiques utilisées dans les établissements de transformation des volailles, et aussi pour discuter de la relation entre l'adaptation bactérienne aux agents technologiques et l'acquisition d'un nouveau phénotype de résistance aux antibiotiques par les bactéries. Les mécanismes communs tels que les pompes à efflux et les changements dans la fluidité de la membrane bactérienne sont les mécanismes les plus documentés comme étant responsables de la résistance croisée aux agents technologiques et aux antibiotiques. Bien que la plupart des études aient signalé une résistance bactérienne aux antibiotiques n'atteignant pas un niveau clinique suite à l’exposition des bactéries aux agents technologiques, la sous-exposition des bactéries à ces agents reste une préoccupation. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si les agents technologiques et les antibiotiques partagent des sites d'action et des mécanismes de résistance communs chez les bactéries.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32744054/
Financement : Agence canadienne d'inspection des aliments.
Étude de la prévalence, de la résistance aux antimicrobiens et de la pathogénicité potentielle des isolats d’Escherichia coli et de Salmonella isolés dans des élevages ovins du Québec
Cette étude vise à caractériser, pour la toute première fois, la prévalence, la résistance aux antimicrobiens et la pathogénicité potentielle des isolats fécaux d’Escherichia coli et de Salmonella spp. provenant d’élevages ovins au Québec. En effet, la consommation de viande ovine arrive au 4e rang au Québec, après les viandes de poulet, de bœuf et de porc, et la demande pour cette viande ne cesse d’augmenter. De plus, le Québec est le 2e plus grand producteur d’agneaux et de lait de brebis au Canada. Par contre, peu d’information est disponible quant au profil de résistance et de virulence des bactéries pathogènes d’origine ovine au Québec. Les différentes techniques de pointe en microbiologie moléculaire (PCR, séquençage du génome entier, etc.) seront utilisées dans le cadre de ce projet. L’étude sera conduite dans le cadre d’un projet plus vaste dont l’objectif est d’évaluer la santé des troupeaux ovins du Québec, faisant ainsi intervenir une équipe multidisciplinaire dont l’expertise touche les domaines de la santé animale, de la microbiologie et de l’épidémiologie des maladies infectieuses animales.
Financement : Fond du Centenaire de la FMV
Gestion de la résistance aux antibiotiques à l’interface homme-animal-environnement
Étant donné la complexité de la résistance aux antimicrobiennes (RAM), l’approche Une seule santé qui reconnaît les liens entre les humains, les animaux et l’environnement est plus que jamais indispensable pour prévenir et contrôler la dissémination de la RAM à l’interface homme-animal-environnement. Dans ce cadre, nous avons détaillé notre vision pour cette approche dans plusieurs publications scientifiques, en proposant des actions concrètes dans les trois secteurs. De plus, nous avons expliqué les leçons qui peuvent être tirées de la pandémie actuelle (COVID-19) pour la gestion de la crise de la RAM. En effet, nous soutenons que la pandémie actuelle est l'occasion d'accélérer la mise en œuvre de l’approche Une seule santé pour lutter contre la crise de la RAM à l'échelle mondiale. L'élan créé par la sensibilisation générale accrue du public et des décideurs politiques au développement et au maintien de médicaments efficaces pour traiter les infections microbiennes ainsi qu'à l'importance de l’approche Une seule santé dans la prévention de l'émergence de maladies infectieuses devrait être utilisé comme un levier pour mettre en œuvre des solutions mondiales collaboratives et durables à la crise actuelle de la RAM. Ainsi, les budgets colossaux alloués à la médecine humaine dans le monde pour lutter contre cette pandémie ne doivent pas compromettre les efforts menés pour gérer la crise actuelle de la RAM à l'interface homme-animal-environnement.
Référence : https://www.mdpi.com/2079-6382/10/4/464
Financement : GREZOSP
Impacts de divers régimes d’élevage sur l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques et sur le microbiote cæcal de poulets de chair au Québec
Avec l’ampleur grandissante que prend la problématique de la résistance aux antibiotiques au niveau mondial, plusieurs initiatives ont été proposées au cours des dernières années pour contrer ce phénomène. Conséquemment, les Producteurs de poulet du Canada ont graduellement mis en place leur stratégie de réduction de l’usage des antibiotiques dans les élevages. L’initiative étant relativement récente, ses impacts réels sur l’évolution de la résistance aux antibiotiques dans les élevages de poulets de chair au pays restent à être documentés. Ce projet avait donc pour objectif de décrire les impacts d’un retrait, à court et à long terme, des antibiotiques dans des élevages commerciaux de poulets de chair, sur l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques. Les résultats ont montré qu’un arrêt à court terme des antibiotiques (sur 18 mois) n’était pas suffisant pour réduire de manière significative la charge des gènes de résistance aux antibiotiques dans les élevages suivis, alors qu’un retrait à long terme (8 ans) avait un impact réel sur l’abondance de ces gènes. Les retombées de cette étude contribuent de manière très innovante à l’étude de la résistance aux antibiotiques et viennent soutenir les efforts de la filière avicole dans sa mission de contribuer à l’amélioration de la santé publique canadienne.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33409294/
Financement : CRSNG
Caractérisation et modélisation du risque associé aux bâtiments d’élevage et aux établissements d’abattage en production avicole et porcine pour la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques via la transmission de bioaérosols
Ce projet vise à mieux décrire le rôle des bioaérosols dans le transport et le transfert de bactéries porteuses de gènes de résistance aux antibiotiques (GRA) à l'échelle canadienne. Les bioaérosols, en servant de réservoirs et de sources de dissémination des bactéries porteuses de GRA, constituent une source d'exposition pour l'humain et les animaux. Contrairement à des vecteurs plus étudiés tels que l'eau et le sol, les bioaérosols comme source d'exposition aux bactéries résistantes aux antibiotiques (ATB) et potentiellement pathogènes sont mal décrits. Ce projet, en procédant à l'échantillonnage et à l'analyse de divers environnements, dont les environnements d'élevages porcins et avicoles, permettra de préciser l'exposition des animaux d'élevages et des Canadien(ne)s travaillant dans ces milieux aux bioaérosols transportant des bactéries porteuses de GRA. Le projet sera conduit dans le cadre d'une étude plus vaste faisant intervenir une équipe de recherche multidisciplinaire et internationale dont l'expertise touche les domaines de la santé animale, de la santé humaine et de l'environnement. Cette étude s'intéressera à documenter le rôle des bioaérosols dans l'exposition aux bactéries résistantes aux ATB dans une diversité de milieux arctiques, urbains, ruraux et agricoles. Ainsi, les résultats obtenus dans le cadre de la conduite de cette étude pourraient mener au développement ou encore à l'amélioration de moyens de mitigation pour la présence des bioaérosols intérieurs ou extérieurs, le tout dans la perspective d’améliorer la santé des populations canadiennes.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33409294/
Financement : CRSNG - Frontières de la découverte