La résistance aux antimicrobiens (RAM) est une réelle menace pour la santé humaine et animale à l’échelle mondiale. Ce sujet était d’ailleurs une priorité de l’ordre du jour des sommets du G7 et du G20 en 2021. Mohamed Rhouma, professeur adjoint au Département de pathologie et microbiologie de la Faculté de médecine vétérinaire de l’Université de Montréal, s’est penché sur la caractérisation des mécanismes de résistance des bactéries zoonotiques ainsi que sur la littérature scientifique traitant la RAM. Il dresse un portrait de l’impact de l’antibiorésistance et des avenues possibles pour gérer cette problématique, en accélérant l’implantation de l’approche Une seule santé.
Il est impératif d’intervenir rapidement pour contrer la sélection de bactéries résistantes et la dissémination de la résistance aux antimicrobiens (RAM). « Dans les unités de soins intensifs des hôpitaux à l’échelle mondiale, des décès sont attribuables à des bactéries multirésistantes, contre lesquelles il n’y a pas d'antibiotiques efficaces », explique M. Rhouma.
Il fait un lien avec la récente pandémie de COVID-19 pour exprimer l’urgence d’agir. « Avec la COVID, nous nous sommes retrouvés face à une maladie qui s’est propagée mondialement et pour laquelle il n’existe pas de traitement efficace, d'où la panique mondiale et les différents cycles de confinement, pour réduire la contagiosité et alléger le fardeau sur notre système de santé ». Il importe de mettre en place des mesures concrètes afin de ne pas se retrouver dans une impasse similaire avec la RAM. Il y a maintenant une prise de conscience sociétale et politique à propos de l’antibiorésistance. « Nous devons préserver notre arsenal thérapeutique contre cette antibiorésistance, et ce, dans une perspective de production animale durable et de santé publique », ajoute M. Rhouma.
Utilisation et rôle des antibiotiques en santé animale
En 2020, l’Agence de santé publique du Canada a estimé qu’environ 82 % des antibiotiques qui se trouvent sur le marché canadien sont utilisés chez les animaux d'élevage1. Cette donnée doit être mise en perspective pour deux raisons :
- La quantité d’antibiotiques administrée est basée sur la biomasse animale (kg). En effet, les doses sont calculées sur une base de milligramme par kilogramme (mg/kg). Par exemple, une vache qui pèse entre 700 et 900 kg a invariablement besoin de recevoir une dose plus forte qu’un humain. Tout est question de proportions.
- Au Canada, en 2020, il y avait environ 22 animaux pour chaque humain au Canada. En considérant ces données et après révision pour la biomasse, il y avait environ 1,8 fois plus d’antimicrobiens vendus pour être utilisés chez les animaux d’élevage que chez les humains.
Les antibiotiques sont utilisés en production animale dans différents contextes2. En premier lieu, pour traiter les animaux cliniquement malades, par exemple, un animal présentant des symptômes respiratoires anormaux ou une diarrhée. « Cela fait partie de notre obligation comme vétérinaire : traiter et améliorer le bien-être animal et, en l'occurrence, restaurer la production ».
Il y a également des usages prophylactiques (c’est-à-dire préventifs). Les antibiotiques sont administrés aux animaux cliniquement sains qui pourraient éventuellement développer des infections bactériennes après certains évènements (ex. transport, chirurgie, etc.). Par exemple, les porcelets sont très vulnérables aux infections durant la période de sevrage, parce que leur système immunitaire n’est pas encore suffisamment mature pour les protéger contre les agressions microbiennes. « Des antibiotiques sont parfois utilisés à titre prophylactique chez des porcelets avant le sevrage, afin d’éviter que les animaux ne développent de maladies bactériennes ». L’administration d’antibiotiques de façon préventive peut aussi s’appliquer durant le tarissement3 des vaches laitières, pour éviter qu’elles ne développent des mammites4.
Les antibiotiques peuvent aussi servir de promoteur de croissance. Dans ce cas, ils sont ajoutés en faibles concentrations dans la moulée. Ils ont pour objectif d'améliorer les performances zootechniques des animaux, en stimulant la croissance et le gain moyen quotidien.
| En 20185, Santé Canada a exigé le retrait des allégations de facteur de croissance des étiquettes des antimicrobiens importants sur le plan médical chez les animaux d’élevage, dans une perspective de protéger notre arsenal thérapeutique contre le développement de la RAM. |
« Il a été confirmé, d’un point de vue scientifique6, que dans les élevages modernes qui ont un niveau d'hygiène élevé, il est inutile d'utiliser les antibiotiques comme promoteurs de croissance. Cela revient même coûteux pour l'agriculteur, en comparant le prix des antibiotiques aux gains observés chez l’animal », explique M. Rhouma.
Différents modes de transmission de la résistance bactérienne
M. Rhouma a démontré, en se basant sur des données scientifiques probantes, que les animaux d’élevage jouent un rôle minime dans le transfert de la résistance antibactérienne en médecine humaine, en comparaison à la transmission communautaire. En effet, une étude menée aux Pays-Bas en 2019 a montré que 60 % des E. coli producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE)7 observés en médecine humaine étaient attribués à la transmission interhumaine, alors qu’uniquement 19 % de ces E. coli ont été attribués à des aliments d'origine animale8.
M. Rhouma cite en exemple les antibiotiques de type carbapénèmes9, efficaces contre de nombreux types de bactéries, et qui ont une importance capitale en médecine humaine. Ces antibiotiques n’ont jamais été utilisés en médecine vétérinaire. Toutefois, en médecine humaine, une prévalence importante de la résistance bactérienne est observée contre cette classe d’antibiotique.
Différents modes de transmission de l’antibiorésistance aux humains sont répertoriés dans la littérature scientifique. Il a été prouvé que le risque de transmission est plus élevé pour la population étant en contact direct avec les animaux d’élevage, comme les employés travaillant dans les élevages ou les abattoirs, ainsi que les médecins vétérinaires. « L'exemple classique est celui de Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM). Il y a un consensus scientifique autour du fait que cette bactérie provient du porc. Les personnes qui travaillent de longues heures dans les porcheries sont plus exposées au risque de transmission de cette bactérie. Dans un tel contexte, il s’agit d’une zoonose professionnelle ».
La résistance bactérienne peut aussi se transmettre aux humains par la voie alimentaire. En effet, une pièce de viande, contaminée par des bactéries résistantes aux antibiotiques, et n’ayant pas été suffisamment cuite, peut transmettre son bagage génétique aux bactéries présentent au niveau du microbiote du consommateur.
La RAM touche à la fois la santé animale et humaine, mais également l’environnement. « Il ne faut pas oublier qu’une grande partie des antibiotiques utilisés en médecine humaine et en médecine vétérinaire se retrouvent dans les affluents et les déjections ». Ils sont ainsi présents dans les biosolides, ou matières résiduelles fertilisantes (MRF) des humains ainsi que dans les lisiers et les fumiers des animaux. Ces déjections (humaine et animale) sont ensuite utilisées comme fertilisants sur les terres agricoles et les antibiotiques qui y sont présents finissent par se retrouver dans l’environnement et continuent ainsi à exercer leur pression de sélection sur les bactéries environnementales. Toutes ces conditions favorisent le transfert sol-plantes de l’antibiorésistance.
| C’est pour cette raison que la mise en œuvre de l'approche Une seule santé pour la gestion de la problématique de la RAM est plus que jamais indispensable, puisque la santé humaine, la santé animale et la santé environnementale sont interconnectées. |
Des stratégies pour protéger notre arsenal thérapeutique
« L’antibiorésistance est une grande préoccupation en médecine vétérinaire, puisque nous sommes très conscients que nous n’aurons pas accès à de nouveaux antibiotiques dans les prochaines années. Si un nouvel antibiotique devait être découvert, nous pouvons nous attendre à ce qu’il soit strictement réservé à la médecine humaine. Ainsi, notre responsabilité est de mettre en œuvre les différentes actions permettant de protéger l’efficacité et la longévité de notre arsenal thérapeutique actuel », affirme M. Rhouma.
À l’heure actuelle, rien ne peut remplacer l'activité antibactérienne des antibiotiques pour le traitement des animaux cliniquement malades. Aussi, Santé Canada a classé les antimicrobiens en quatre catégories, basées sur leur importance en médecine humaine :
1) Très haute importance
2) Haute importance
3) Importance moyenne
4) Faible importance
À titre d’exemple, un antimicrobien sera classé dans la catégorie « Très haute importance », s’il représente l’option privilégiée de traitement d’infections bactériennes graves chez l’humain et qu’il n’existe pas d’antimicrobiens de remplacement permettant un traitement efficace en cas d'émergence d'une résistance à cet antimicrobien.
Dans une perspective de protéger l’efficacité des antimicrobiens, Santé Canada a interdit l’usage des trois premières catégories d’antimicrobiens comme promoteur de croissance, chez les animaux d’élevage.
« À la Faculté de médecine vétérinaire, nous avons comme mission de former les futurs médecins vétérinaires sur les différentes stratégies permettant un usage judicieux des antibiotiques chez les animaux, tout en considérant les enjeux en lien avec le bien-être animal, la contamination environnementale et les normes de salubrité de plus en plus rigoureuses » explique M. Rhouma.
L’application des différentes approches alternatives à l’usage des antibiotiques en production animale est enseignée aux futurs médecins vétérinaires, en utilisant des mises en situation concrètes, ainsi que la littérature scientifique la plus récente. Ces approches, qui peuvent être employées à titre prophylactique chez les animaux, ont différents objectifs, à savoir la stimulation du système immunitaire (ex. : les vaccins), la réduction de l’acidité gastrique (ex. : les acides organiques), l’amélioration de l'intégrité intestinale (ex. : les huiles essentielles), l'augmentation de la digestibilité des nutriments au niveau digestif (ex. : les enzymes), l’amélioration de la croissance de souches bactériennes bénéfiques (ex. : les probiotiques), etc. Il est à noter que ces approches ne peuvent toutefois pas remplacer l'activité antibactérienne, bactériostatique et bactéricide de l'antibiotique, surtout lorsque les animaux sont affaiblis. De plus, les solutions alternatives sont souvent administrées dans l’eau ou dans la moulée, mais quand les animaux sont malades, ils s’alimentent habituellement moins, limitant l’effet de ces solutions.
En plus de ces approches, la régie d'élevage joue un rôle essentiel dans la réduction de l’utilisation des antibiotiques. Par exemple, il est important de s’assurer que la température est optimale pour les animaux, en fonction de leurs stades physiologiques. Cela passe notamment par la calibration de la température dans les porcheries et les poulaillers. Une attention particulière est portée au système de ventilation dans les bâtiments d’élevage et à la mesure de l’hygrométrie10 (le taux d’humidité). Les médecins vétérinaires conseillent les éleveurs à cet effet, dans une perspective d’investissement durable permettant de réduire le stress inutile pour les animaux et, par conséquent, les infections microbiennes et le recours aux antibiotiques au niveau des fermes.
Des exemples encourageants de diminution de l’antibiorésistance
M. Rhouma donne deux exemples de stratégies qui se sont révélées encourageantes, dans une optique de réduction de la RAM et dans une perspective de l’approche Une seule santé.
La colistine a été utilisée durant des années dans les pays asiatiques, pour stimuler la croissance des animaux d’élevage. À la suite d’une nouvelle réglementation, ces pays ont cessé d’utiliser la colistine comme promoteur de croissance et, conséquemment, une réduction très significative de la résistance bactérienne à cet antibiotique a été observée autant chez l’homme, les animaux d’élevage et dans l'environnement11. Il est à noter que la colistine est considérée comme antibiotique de dernier recours en médecine humaine pour traiter des infections bactériennes multirésistantes, en l'occurrence les infections causées par des bactéries productrices de BLSE et de carbapénèmases. En effet, la colistine est administrée par la voie intraveineuse ou bien intratrachéale pour traiter certaines infections respiratoires, notamment chez les patients atteints de la fibrose kystique. Malgré sa toxicité, elle est toujours employée pour le traitement de cette affection, faute d’antimicrobiens de remplacement efficace. Voilà pourquoi son usage a été réduit de façon significative en médecine vétérinaire, pour préserver son efficacité en médecine humaine.
Un constat similaire a été rapporté par le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) avec le ceftiofur. Cet antibiotique était autrefois administré à titre prophylactique in ovo (dans l’œuf fécondé avant l’éclosion) dans les couvoirs, afin de prévenir les infections chez les poussins. Suivant l’arrêt d’utilisation de cet antibiotique au Canada en 2005, une baisse significative de la résistance de salmonella a été répertoriée à la ferme, dans la viande vendue au détail et en médecine humaine12.
Ces deux exemples démontrent un lien direct entre la réduction d’utilisation d’antibiotiques et la diminution de la RAM. Il est donc naturel de se demander si ce principe pourrait s’appliquer à d’autres antimicrobiens.
M. Rhouma apporte certaines précisions. « Le phénomène d’antibiorésistance existait avant même l’utilisation des antibiotiques, puisqu’environ 2/3 des antibiotiques commercialisés sont produits par des microorganismes. Cependant, l’utilisation à grande échelle des antibiotiques en médecine humaine et vétérinaire a accéléré le développement et la dissémination de la RAM. Chaque fois que nous utilisons un antibiotique, nous offrons à certaines populations bactériennes la possibilité de développer une résistance à cet antibiotique ». Par exemple, en présence de la colistine, certaines bactéries pourraient exprimer un gène de résistance pour éviter que leur paroi soit détruite par cet antibiotique.
Une approche concertée dans une perspective Une seule santé
La récente pandémie a contribué à une prise de conscience de l’importance et de l’urgence d’accélérer l’application de l’approche Une seule santé pour contrer la problématique de l’antibiorésistance13. Une pression venant des consommateurs se fait ressentir pour réduire l’usage d’antibiotiques. « Les consommateurs, surtout dans les pays occidentaux, exigent un produit salubre, avec moins d’antibiotiques ». Une grande chaîne de restauration rapide, qui exige aussi d’être approvisionnée en protéines animales exemptes d’antibiotiques, peut créer une pression réelle sur les producteurs.
La mise en œuvre de cette approche nécessite une étroite collaboration et des partenariats multisectoriels solides entre toutes les parties prenantes, y compris les médecins, les médecins vétérinaires, les professionnels de l'environnement, les chercheurs, les compagnies pharmaceutiques, les hôpitaux, les décideurs politiques et les patients, afin de réduire l'usage des antimicrobiens et la RAM.
L’Organisation mondiale de la Santé (OMS), l’Organisation mondiale de la santé animale (OMSA) et l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) ainsi que le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) travaillent de concert pour mettre en place une stratégie concrète et globale visant à endiguer la problématique de la RAM .
« La médecine vétérinaire a une responsabilité éthique et déontologique envers les prochaines générations, de protéger l’arsenal thérapeutique actuel d’antimicrobiens contre l'antibiorésistance. Je suis très heureux que l’OMS, l’OMSA, la FAO et le PNUE soient conscients et préoccupés par cette problématique et qu’ils aient pris l’initiative de travailler ensemble pour endiguer cette crise liée à la RAM. Je trouve que c’est extrêmement positif ».
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1 Source : Rapport du Système Canadien de Surveillance de la Résistance aux Antimicrobiens, Agence de la santé publique du Canada, 2022.
2 Source: Rhouma, M.; Soufi, L.; Cenatus, S.; Archambault, M.; Butaye, P. Current Insights Regarding the Role of Farm Animals in the Spread of Antimicrobial Resistance from a One Health Perspective. Vet. Sci. 2022, 9, 480. doi.org/10.3390/vetsci9090480.
3 Au cours de cette période, l’éleveur prépare la vache et sa mamelle à la lactation suivante.
4 La mammite est une inflammation des tissus internes de la glande mammaire dont la cause principale est l’introduction de bactéries. C’est la maladie la plus fréquente chez la vache laitière et elle est la cause première de l’utilisation des antibiotiques chez cette espèce. Source: Réseau canadien de recherche sur la mammite bovine et la qualité du lait.
5 Source: Utilisation responsable des antimicrobiens importants sur le plan médical chez les animaux, Gouvernement du Canada.
6 Source : Antimicrobial growth promoter use in livestock: a requirement to understand their modes of action to develop effective alternatives, International Journal of Antimicrobial Agents, Vol. 49, Issue 1, January 2017, Pages 12-24.
7 Les bêta-lactamases sont des enzymes produites par divers bactéries et qui inactivent les antibiotiques appartenant à la famille des bêtalactamines (ex. pénicillines, céphalosporines, monobactames, carbapénèmes).
8 Source : Attributable sources of community-acquired carriage of Escherichia coli containing β-lactam antibiotic resistance genes: a population-based modelling study, Lapo Mughini-Gras, Alejandro Dorado-García, Engeline van Duijkeren, Gerrita van den Bunt, Cindy M Dierikx, Marc J M Bonten, Martin C J Bootsma, Heike Schmitt, Tine Hald, Eric G Evers, Aline de Koeijer, Wilfrid van Pelt, Eelco Franz, Dik J Mevius*, Dick J J Heederik*, on behalf of the ESBL Attribution Consortium, Lancet Planet Health 2019: 3: 357-69.
9 Les carbapénèmes sont des antibiotiques à large spectre appartenant à la famille des bêtalactamines. Ils sont efficaces contre de nombreux types de bactéries, notamment les bactéries résistantes à de nombreux autres antibiotiques. Source : Le Manuel Merck.
10 Partie de la météorologie qui étudie la quantité de vapeur d'eau contenue dans l'air.
11 Source : Mohamed Rhouma, Jean-Yves Madec, Ramanan Laxminarayan, Colistin: from the shadows to a One Health approach for addressing antimicrobial resistance, International Journal of Antimicrobial Agents,Volume 61, Issue 2,2023,106713,ISSN 0924 8579,https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2023.106713.
12 Source : Dutil L, Irwin R, Finley R, Ng LK, Avery B, Boerlin P, Bourgault AM, Cole L, Daignault D, Desruisseau A, Demczuk W, Hoang L, Horsman GB, Ismail J, Jamieson F, Maki A, Pacagnella A, Pillai DR. Ceftiofur resistance in Salmonella enterica serovar Heidelberg from chicken meat and humans, Canada. Emerg Infect Dis. 2010 Jan;16(1):48-54. doi: 10.3201/eid1601.090729. PMID: 20031042; PMCID: PMC2874360.
13 Source : Rhouma, M.; Tessier, M.; Aenishaenslin, C.; Sanders, P.; Carabin, H. Should the Increased Awareness of the One Health Approach Brought by the COVID-19 Pandemic Be Used to Further Tackle the Challenge of Antimicrobial Resistance? Antibiotics 2021, 10, 464. doi.org/10.3390/antibiotics10040464.
14 Source : AMR a global threat?, Food and Agriculture Organization of the United Nations.