Chaque année au Canada, le nombre de toxi-infections alimentaires ne diminue pas malgré la surveillance, la recherche et le resserrement de certaines normes réglementaires.  De plus, de nouvelles normes cibleront prochainement la contamination des découpes de volaille fraîche, un défi considérable pour l’industrie. La volaille et ses produits de viande demeurent une source d’exposition importante aux principaux pathogènes alimentaires d’origine bactérienne pour les consommateurs canadiens. La littérature scientifique montre que chacune des grandes étapes de la chaîne de production de la viande de volaille a un rôle à jouer dans la contamination par certains de ces pathogènes alimentaires tels que Salmonella et C. perfringens entérotoxinogène. Cependant, une analyse détaillée de la dynamique de contamination par ceux-ci tout au long de cette chaîne n’a étonnamment jamais été réalisée au Canada, alors qu’elle a été démontrée primordiale en France. Cette étude vise donc à décrire la dynamique de contamination par Salmonella et C. perfringens entérotoxinogène le long de la chaîne de production de poulets de chair au Québec, du troupeau d’oiseaux reproducteurs jusqu’au transformateur, et d’identifier des marqueurs génétiques bactériens pouvant contribuer à cette contamination. Les collaborations entre l’équipe de recherche de la CRSV et des chercheurs aux États-Unis, en France et même en Espagne supporteront le côté innovant de ce projet.

Financement du projet : CRSNG Subvention Alliance, CRIBIQ, Mitacs, Fonds France-Canada pour la recherche, Conseil de recherches avicoles du Canada, Les Producteurs d’œufs d’incubation du Québec, Les Couvoiriers du Québec, Les Éleveurs de volailles du Québec, l’AQINAC, Le Conseil québécois de la transformation de la volaille

L’établissement du microbiote intestinal chez le porcelet est influencé par le microbiote maternel. La composition du microbiote intestinal module l’excrétion de Salmonella par le porc. La truie pourrait être une source d’introduction de Salmonella ou même conditionner la sensibilité à la contamination dans cette production par transfert de bactéries à ses porcelets. Dans cette étude, nous avons décrit, dans une pyramide de production commerciale multisites, les évolutions du microbiote fécal des truies selon leur excrétion de Salmonella et le moment de leur gestation. Nous avons ensuite documenté que les microbiotes fécaux des porcelets d’une même portée sont plus semblables, et que le statut d’excrétion de Salmonella de la truie influe sur leur établissement. Jusqu’en engraissement, les porcs provenant d’une même truie présentent une plus grande similitude pour le microbiote fécal, même si l’influence du statut d’excrétion de Salmonella par la truie ne pouvait plus être mesurée. De plus, dans cette pyramide de production, malgré une excrétion de Salmonella par les truies en gestation, il n’y a pas de transmission directe aux porcelets qui se sont plutôt avérés être contaminés par des souches retrouvées à la pouponnière. L’influence du microbiote transmis par la truie dans la sensibilité à la colonisation des porcs reste donc l’hypothèse à travailler.
Référence : Lariviere-Gauthier_Guillaume_2020_these.pdf (umontreal.ca)
Financement : CRSNG, CRIBIQ

Le Canada est l’un des plus grands pays exportateurs de porc au monde et le Québec à lui seul compte pour 6% de ce commerce international. Pour conserver l’excellence de ces produits, une connaissance approfondie des agents infectieux circulant au sein des troupeaux est primordiale. Plusieurs agents pathogènes sont peu étudiés et pourtant retrouvés chez les porcs à travers la planète, dont plusieurs virus porcins tels que les astrovirus, les calicivirus, les kobuvirus, les rotavirus, les torque teno sus virus et le virus de l’hépatite E. Dans cette étude, l’excrétion de ces virus par les porcs à travers différentes étapes de la chaîne de production porcine au Québec a été analysée lors du suivi d’animaux sains et en diarrhée, de la maternité jusqu’à la fin de l’engraissement. Les résultats obtenus ont permis de décrire les dynamiques temporelles d’excrétion des virus entériques porcins en fonction des stades de production, la composition des viromes intestinaux et les co-infections virales en lien avec la diarrhée néonatale chez le porcelet. De plus, le virus de l’hépatite E a été retrouvé dans l’environnement extérieur des établissements appartenant à un réseau de production. Ces nouvelles données permettront l’élaboration de mesures de biosécurité adaptées en fonction du stade de production des porcs, permettant des interventions plus ciblées lors d’éclosions de diarrhées porcines dont l’étiologie demeure inconnue.
Référence : Lachapelle_Virginie_2018_these.pdf (umontreal.ca)
Financement : CRSNG, FRQNT, CRIPA

Les communautés bactériennes fécales des poules reproductrices représentent les premières bactéries rencontrées par l’œuf durant et après la ponte. Toutefois, la contribution de ces micro-organismes à l’établissement du microbiote retrouvé à la surface de l’œuf reste encore majoritairement inconnue. L’objectif de cette étude était de décrire le microbiote fécal des oiseaux reproducteurs chair et celui retrouvé à la surface de leurs œufs pondus afin d’évaluer une possible transmission de l’écosystème microbien fécal parental vers la surface de l’œuf et donc éventuellement vers le poussin. Les résultats ont démontré que les communautés bactériennes majoritairement retrouvées dans les fèces des oiseaux reproducteurs chair et à la surface de leurs œufs étaient différentes. De plus, la contribution de l’écosystème microbien fécal de ces poules reproductrices à l’établissement du microbiote retrouvé à la surface de l’œuf n’était pas directe et systématique, il y avait une sélection qui s’effectuait lors du transfert. Finalement, des séquences associées à plusieurs bactéries potentiellement pathogènes et d’altération ont été identifiées comme étant partagées entre les fèces et les œufs. Compte tenu de l’implication possible des micro-organismes retrouvés dans les deux types d’échantillons, tant dans une perspective de santé animale que de santé publique, tous les intervenants impliqués aux différents maillons de la chaîne de production des volailles pourront prendre connaissance de ces résultats novateurs et ainsi prévenir les risques de contamination des poussins par ces agents, et ce, dès les premiers stades de la chaîne de production.
Référence : https://papyrus.bib.umontreal.ca/xmlui/handle/1866/22620
CRSNG, CRIBIQ