À l'abattoir
Étude de la contamination des carcasses de poulets de chair par Salmonella aux différentes étapes du procédé d’abattage et dans l’environnement de deux abattoirs au Québec par la caractérisation des étapes critiques du processus d'abattage pour la mise en place de mesures de contrôle ciblées visant la réduction de la contamination des produits de viande
Salmonella est l’une des bactéries les plus souvent associées aux toxi-infections alimentaires et les produits de volaille sont les plus souvent reliés à ces toxi-infections. Cette bactérie étant très présente dans les troupeaux de volailles, son contrôle au cours du processus d'abattage et de transformation représente un défi de taille pour l'industrie. Des épisodes réguliers de toxi-infections dans la population, ainsi que des exigences réglementaires et des marchés d'exportation de plus en plus sévères font en sorte que les moyens de contrôle actuels doivent être améliorés. Cette étude visait donc à comprendre la distribution et les sources de contamination par Salmonella dans des établissement d’abattage des volailles en utilisant les technologies de caractérisation moléculaire de pointe. Les résultats ont montré que certaines étapes du procédé d’abattage des volailles sont plus critiques pour assurer la salubrité des produits de viande. De plus, certains sérotypes de Salmonella semblent être plus susceptibles de persister tout au long de ce procédé et ainsi contaminer le produit de viande fini. Une optimisation des procédés, selon le profil de contamination observé pour chaque établissement d’abattage, par la mise en place de mesure de contrôle adaptées a permis d’améliorer considérablement la salubrité des produits de viande de volailles mis en marché au Québec.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33003200/
Financement : CRSNG Subvention de recherche et de développement
Étude de la diversité, de la persistance et de la formation du biofilm chez les souches de Listeria monocytogenes dans des abattoirs de porcs au Québec
Listeria monocytogenes est une bactérie à Gram positif, largement présente dans différents types d’environnement, qui peut causer une maladie rare, mais grave, la listériose. La persistance de L. monocytogenes dans l’environnement des industries agroalimentaires est un phénomène établi, mais les mécanismes qui y conduisent font encore aujourd’hui débat. Les résultats de ce projet ont montré qu’après les opérations de nettoyage et de désinfection, la composition de la contamination par Listeria monocytogenes selon les abattoirs et les secteurs d’un même abattoir était significativement différente. Ainsi, deux abattoirs ont montré une contamination plus élevée comparativement à un autre abattoir. Une importante diversité de souches de L. monocytogenes est présente dans l’environnement des abattoirs et des usines de découpe de viande et cette diversité était généralement similaire entre les abattoirs, sauf pour un seul abattoir qui a montré une diversité significativement plus élevée. Cette étude a montré que la présence de souches persistantes de Listeria monocytogenes était plus importante au niveau des étapes arrivant après l'éviscération, particulièrement lors de la découpe. Dans ces conditions, le risque de contamination des produits est très présent. La comparaison des caractéristiques génotypiques des souches persistantes avec celles des souches isolées des aliments transformés et isolées de cas de listériose humaine a montré un lien significatif entre ces souches. L’étude des différents mécanismes de persistance des souches de Listeria monocytogenes réalisée au cours de ce projet a montré que la présence de gènes de résistance aux ammoniums quaternaires (QACs) chez certaines souches est particulièrement associée au caractère de persistance, alors qu’aucune différence dans la capacité à former du biofilm n’a été mise en évidence entre les souches persistantes et celles ne persistant pas. L’importance de considérer les risques de contamination de Listeria monocytogenes aux étapes situées en amont de la production des produits prêts-à-manger à base de viande a été démontrée dans ce travail, dans la mesure où, à partir d’une grande diversité de souches présentes dans ce secteur, émerge une population présentant des profils génotypiques similaires à ceux retrouvés dans les aliments et les cas de listériose humaine. Cette étude permettra donc une reconsidération de l’importance d’une surveillance cohérente de Listeria monocytogenes en amont de la production de prêt-à-manger, tout ceci afin de limiter ainsi les risques de contamination des matières premières des industries de transformation.
Référence : https://papyrus.bib.umontreal.ca/xmlu/ihandle/1866/24238
Financement : CRSNG
Identification de composants de l’écosystème microbien des surfaces de production de viande porcine associés à Listeria monocytogenes: vers une écologie dirigée des surfaces.
Le but de ce projet est d’identifier des bactéries naturellement présentes sur les surfaces de production agro-alimentaire et pouvant expliquer les conditions de la présence de Listeria monocytogenes sur une surface. À terme, la contamination ou non d’un produit par Listeria monocytogenes pourrait ainsi être prédite. Des échantillons de surfaces de convoyeurs en contact avec de la viande en salle de découpe d’un abattoir porcin ont été récoltés. Les isolats de Listeria monocytogenes récupérés de ces échantillons ont été caractérisés par PCR, sérotypage, cgMLST, par séquençage du gène codant pour l'internaline A, puis pour leur capacité à produire un biofilm. Cette caractérisation a révélé une faible diversité des souches de Listeria monocytogenes. Ces dernières ont montré d’importantes caractéristiques de persistance. Des analyses de diversité ont été effectuées à la suite du séquençage du gène codant pour l’ARN 16S. Ces analyses ont révélé une hétérogénéité temporelle et géographique dans la distribution du microbiote des surfaces. Un outil de classification pouvant définir la provenance d’un échantillon selon les bactéries le composant a été développé basé sur une méthode de type « machine learning ». Cet outil pourrait être utile à plus grande échelle afin de retracer la provenance d’un échantillon impliqué dans une éclosion reliée à Listeria monocytogenes. De plus, un genre bactérien associé à un risque accru pour la présence de Listeria monocytogenes a été identifié. Cette association a pu être reproduite en laboratoire sous forme de cultures planctoniques, ainsi que sous forme de biofilms statiques et dynamiques. Cibler des indicateurs de risque associés à Listeria monocytogenes permettra de faire une meilleure évaluation du risque de contamination des produits de viande et ainsi assurer une plus grande sécurité dans l’assiette du consommateur.
Référence : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34832524/
Financement : CRSNG
Les bactéries de surface des carcasses et des produits finis de porcs et de volailles à l'abattoir
Le but de ce projet de recherche est de déterminer si la variabilité du microbiote de surface de carcasses et de produits de viande finis peut être utilisée comme indicateur de la salubrité des viandes issues de porcs et de volailles. Pour cela, des échantillonnages ont été effectués dans des abattoirs porcins et avicoles au Québec. Le microbiote de surface des carcasses et des produits finis (longes de porcs, carcasses de poulets de chair) a été caractérisé par une approche de séquençage à haut débit en fonction de plusieurs facteurs, tels que le procédé d’abattage, l’origine des animaux (différentes fermes) et la température de stockage. Le lien entre la présence de bactéries pathogènes à la surface de la viande, telles que Salmonella, Campylobacter ou encore Clostridium perfringens entérotoxinogène et certains membres de la communauté microbienne de la carcasse a également été décrit. Cette étude permet d’offrir une caractérisation complète des communautés microbiennes présentes à la surface des produits de viande issus des abattoirs et destinés à la consommation humaine, mais permet aussi de mieux comprendre le rôle des conditions d’abattage et de stockage dans la composition et la diversité du microbiote de surface des produits de viande.
Financement : CRSNG
Évaluation du risque associé à la présence de Clostridium perfringens entérotoxinogène chez le poulet de chair
Clostridium perfringens entérotoxinogène figure parmi les principales causes de toxi-infections d'origine alimentaire au Canada. Malgré la centaine de milliers de cas de toxi-infections attribuables à ce pathogène chaque année au Canada, les réservoirs et voies de transmission jusqu'à l'humain demeurent très peu documentés. Une étude précédente réalisée dans notre équipe et basée sur une détection par PCR a montré que jusqu'à 25% des carcasses de poulets de chair prêtes à la mise en marché pouvaient être contaminées par la bactérie et qu'autant les environnements d'élevage que de transformation des volailles représentaient une source de la bactérie. Alors que l'isolement classique de Clostridium perfringens sur milieu de croissance sélectif s'appuie sur le phénotype de double hémolyse, les souches entérotoxinogènes de cette espèce bactérienne ne produisent pas cette double hémolyse caractéristique et sont alors difficilement différenciables des autres microorganismes. Seule une méthode d'isolement permettant de cibler spécifiquement Clostridium perfringens entérotoxinogène permettra de récupérer avec succès les isolats de Clostridium perfringens entérotoxinogène présents dans les échantillons positifs identifiés lors de cette précédente étude. Une caractérisation génétique des isolats récupérés nous permettra alors de mieux décrire les sources de contamination par ce pathogène, tout au long de la chaîne de production de poulets de chair au Québec.
Financement : CRSNG - Subvention à la découverte