• Recherche sur la contamination de la volaille à l'abattoir par les salmonelles et le campylobacter et études des facteurs de risque.
• Projets sur les causes de saisies des carcasses de poulets à l'abattoir; détermination des facteurs de risque, pathogénie et analyse du risque. Développement de stratégies alternatives à l'utilisation en continu d'antibiotiques en continu dans l'alimentation du poulet de chair.
• Détection des résidus antibiotiques dans les oeufs.

Les maladies infectieuses animales et tout particulièrement les maladies virales porcines telles que le syndrome reproducteur et respiratoire porcin, les maladies associées au circovirus porcin et la grippe porcine. Certains projets de recherche du Dr Gagnon ciblent: 1) les mécanismes antiviraux et 2) la pathogenèse des infections animales mixtes (bactéries-virus, virus-virus) et donc qui étudient les interactions pathogènes-pathogènes. En tant que directeur scientifique du seul laboratoire universitaire québécois de diagnostic des maladies infectieuses virales animales, le Dr Gagnon réalise divers projets de caractérisation de nouveaux virus et de virus réémergents chez tous les animaux (domestiques, fermes, exotiques, faune).

• Maladies et santé des oiseaux de production (notamment le poulet et la dinde).
• Épidémiologie des zoonoses aviaires et santé publique
• Rôle et impact de l’agroenvironnement dans l’épidémiologie des maladies zoonotiques
• Structures et méthodes de la surveillance
• Mise au point d’outils d’aide à la décision en santé publique