Identifier les sources de contamination des aliments et développer des moyens de controler les microorganismes responsables des toxi-infections alimentaires dans une approche de la ferme à la table.  Caractériser génétiquement les microorganismes responsables à des fins d'épidémiologie moléculaire pour mieux comprendre les sources de contamination des aliments. Études des facteurs de risques associés à la contamination des animaux vivants par les bactéries des genres Salmonella, Campylobacter, Clostridium et Escherichia  (coli).  Développer des modèles d'évaluation des risques permettant de mieux utiliser les ressources de surveillance et de gestion des risques alimentaires. Élaboration de modèle de gestion des risques alimentaires de type HACCP.

Ma recherche porte sur la bactérie Campylobacter jejuni, un pathogène alimentaire, ainsi que sur l’écologie microbienne du tube digestif des poulets. C. jejuni provoque de pénibles gastroentérites durant jusqu’à 7 jours chez l’humain. Souvent ce sont les produits de volaille contaminés qui sont incriminés. Il est donc important de l’éliminer de l’intestin des poulets et ainsi éviter qu’il ne remonte la chaîne alimentaire jusqu’aux humains. Pour ça, je cherche à connaître et comprendre l’écologie microbienne du tube digestif des poulets, c’est-à-dire que j’étudie l’ensemble des bactéries qui peuvent cohabiter avec C. jejuni. J’observe comment les autres bactéries peuvent influencer sa présence et surtout de quelle manière la composition de cette flore microbienne réagit lorsque l’on change l’élevage des poulets en modifiant, par exemple, la composition de leur nourriture en y ajoutant des huiles essentielles ou des acides organiques.